Dengan meragukan keaslian injil, kaum terpelajar berpendapat bahwa dogma tritunggal dan skemanya, seperti penebusan dosa dengan darah yesus (atonement) yang tak dapat diterima oleh akal, bukanlah ajaran yesus. Mereka berpendapat bahwa ajaran Tuhan Bapa telah masuk ked ala ajaran Kristen dari paham yunani. Mitos yunani mengenal istilah Zeus-Pater atau Yiputer sebagai Tuhan Bapa dan Herkules sebagai anak dari Tuhan Bapa. Ibu herkules, Alkmene, telah mengandung dan melahirkannya seperti kondisi Maria yang melahirkan Yesus dari Tuhan Bapa. Jadi kedua-duanya, yesus dan Herkules, beribu manusia tetapi berayahkan Tuhan Bapa. Keduanya pun adalah Anak Tuhan sekaligus menjadi Tuhan. Anehnya cerita ini bersamaan pula dengan mitos Hindu, Krishna, juga beribukan manusia, yaitu Devanaki, penjelmaan dari Wishnu sebagai Anak Tuhan, dan ayahnya adalah Tuhan Bapa, yaitu Brahma. Para ahli teolog Jerman seperti Bruno Freydank, Prof. Rudolf Seydel, Dr. Hubbe-Schleiden, Th. Schultze, K.E. Neumann dan sebagainya membuktikan bahwa sebenarnya agama Kristen mempunyai hubungan erat dengan Hinduisme. Mereka pun berpendapat bahwa persamaan ajaran Yunani dan dongeng-dongengnya dengan ajaran Gereja telah begitu banyak, sehingga menjadikan cerita dalam injil itu pada hakekatnya hanyalah dongeng atau mitos yang dibuat-buat oleh manusia. Kedua aliran ini yaitu Yunani dan Hindu, dalam ukuran tertentu telah mempengaruhi agama Kristen. Yang paling mengejutkan ialah ajaran penjelmaan Tuhan menjadi seorang manusia (inkarnasi) yang merupakan ajaran Hindu pula. Disamping ajaran inkarnasi yang berasal dari Hinduisme, ajaran Tritunggal, ajaran penebusan dosa dan sebagainya, juga sakramen, berasal dari Hinduisme, yang membaptiskan anak yang baru lahir di sungai suci Gangga atau dengan air suci. Origenes (185-254), seorang Bapak Gereja di Alexandria, malah mempercayai ajaran-ajaran reinkarnasi Hindu. Para Ilmuwan menyelidiki dan mengambil kesimpulan bahwa misi-misi agama Hindu telah sampai ke Yunani maupun Alexandria sebelum Yesus lahir.
Sejarah juga menunjukkan kepada para teolog Gereja bahwa Ketuhanan Yesus baru muncul jauh kemudian, yaitu setelah kemenangan Athanasius atas ulama Arius pada Konsili di kota Nikea tahun 325. Di antara 2048 ulama Gereja yang berkumpul di kota Nikea, kaisar Konstantinus memilih 318 orang teolog dan yang lainnya ditolak atau meninggalkan Konsili itu. Dalam musyawarah Gereja itu, Athanasius mengatakan bahwa Yesus adalah Anak Tuhan yang mempunyai zat yang sama dengan Tuhan (homoousios; homo=sama; ousios=zat), dilahirkan atau diperanakkan oleh Tuhan dan bukan diciptakan oleh Tuhan. Kaisar Konstantinus yang menginginkan perdamaian telah mengiakan atau memaksakan credo atau ikrar pengakuan iman yang dikemukakan Athanasius dan disokong oleh para teolog Kristen Yunani. Keputusan ini haruslah dianggap sebagai wahyu dari Roh Kudus, kata Konstantinus.
Arius yang lahir di Lybia pada tahun 236 M, yang kemudian mendapat pendidikan di Antiochia dari Presbiter Lucianus, dan terkenal sangat alim itu, tidak menyetujui dan tidak mau menandatangani Credo atau ikrar yang diusulkan Athanasius sehingga dia dan para pengikutnya dibuang ke Illyra. Setelah Arius dibebaskan dari hukuman pembuangan, Konstantin telah insaf akan kesesatan pernyataannya dalam Konsili Nikea, yaitu supaya Credo Athanasius itu dianggap sebagai wahyu dari Roh Kudus. Pada tahun 335 Athanasius diasingkan oleh Konstantin, tetapi sayang telah terlambat. Pengakuan iman ini telah tersebar. Banyak penganiayaan dari Gereja telah dilakukan terhadap para teolog yang berseberangan keyakinan. Miguel Serfete (Michael Servetus) orang yang terkenal alim merangkap dokter yang berotak tajam – penemu peredaran darah paru-paru – mengalami nasib sebagaimana yang dialami banyak teman setanah airnya, dibakar hidup-hidup di Geneva pada tanggal 27 Oktober 1553, karena bukunya yang berjudul De Trinitaris Erroribus ( Kekeliruan Paham Tritunggal) yang kemudian disusul oleh delapan buah bukunya yang lain. Servenus mengatakan: “Your Trinity is a product of subtlety and madness. The Gospel knows nothing of it. The old Fathers are stranger of these vain distinctions. It is from the school of the Greek Sophist that you, Athanasius, prince of the Tritheist have borrowed it.” (Encyclopedia Americana). “Trinitasmu adalah suatu hasil kerumitan dan kegilaan. Injil tidak tahu menahu tentang hal itu. Bapak-bapak Gereja terdahulu tidak mengenal ciri-ciri khas yang hampa ini. Trinitas ini berasal dari kaum Sophis Yunani, lalu kau menjiplaknya, hai Athanasius, pangeran dari para penganut Tiga Tuhan.”
Menurut uskup Mant, dalam bukunya History of Ireland, pada tahun 1326 Adan Duff dibakar pula hidup-hidup di- kota Dublin karena menolak Tritunggal, kemudian Geoge van Parris mengalami nasib serupa. Martis Cellaris, sahabat karib Martin Luther (pendiri Kristen Protestan), juga menolak Tritunggal. Demikian pula Ludwig Haetzer, menyangkal Tritunggal dan rahasianya diketahui setelah ia dihukum mati pada tahun 1529. Karl Marx sendiri menganggap Tritunggal sebagai suatu keajaiban yang tak dapat diterima oleh akal, sehingga dalam sebuah artikelnya di Kolnische Zeitung ia menulis:” Dapatkah orang mempercayai tiga kali satu sama dengan satu?” (K.Marx and F.Engels, On Religion, hal. 26), dan mengatakan bahwa Tritunggal itu tidaklah dikenal oleh orang-orang Kristen yang terdahulu. Bagi Marx, kepincangan Gereja tidak saja membiarkan kaum miskin dipijak dengan filsafat kasih yang buta dan tidak dikendalikan dengan akal, yang menyuruh manusia memberikan pipi kanan setelah ditampar pipi kiri, tetapi juga terletak pada kekejaman Gereja yang membunuh dan menyiksa manusia dengan kejamnya, seperti yang mereka sitir dari kata-kata Thomas Munzer: “Bukankah Kristus berkata: “Aku datang bukan untuk membawa damai, melainkan pedang” (Matius, 10:34). Kristus memerintah dengan tegas: “akan tetapi semua seteruku ini yang tidak mau aku menjadi rajanya, bawalah mereka ke mari dan bunuhlah mereka di depan mataku” (Lukas, 19:27).
